Alejandro Castaños inició su formación profesional  en el Centro de Investigación y Estudios Musicales en la Ciudad de México y en los talleres del Mtro. Juan Trigos e Ignacio Baca-Lobera. En 2004, se graduó de la maestría en composición del Conservatorio Real de La Haya y, en 2005, del curso anual de música por computadora en el IRCAM/Centro Pompidou en París, Francia.